Конечно правильно это делать от кутикулы. Почему? А, потому что длина ногтевого ложа на разных пальцах разная и для того, чтобы визуально ногти выглядели одной длины, нужно их мерить от кутикулы.
Но не забывайте, что средний чуть длиннее, мизинец чуть короче, указательный и безымянный - одной длины.